《碧之轨迹》的舞台同样位于表面繁荣但暗潮汹涌的魔都克洛斯贝尔，时间接续在前作5个月后。当时以罗伊德、艾莉、缇欧、兰迪一行人为核心组成的特殊警察部门“特别任务支援科”，虽然成功解决零之轨迹中的重大事件，却也因为克洛斯贝尔复兴任务紧迫，必须解散，成员因此暂时各奔东西。

然而克洛斯贝尔仍有许多问题悬而未解——

依然强大的黑道组织，仍在台面下翻弄社会情势。

拥有国家级武力的特级猎兵团“赤色星座”赫然进驻，为巨额报酬接手神秘委托。

埃雷波尼亚帝国和卡尔瓦德共和国，两大强权与克洛斯贝尔的领土争端依然存在，宛若导火线一触即发。

仅仅展现冰山一角就显露超强实力的神秘结社“噬身之蛇”，始终对克洛斯贝尔某项事物抱持高度兴趣。

隶属七耀教会的“星杯骑士团”，暗中协助主角一行人与众多黑暗势力对抗。

众多势力集结魔都，凝聚足以颠覆大陆情势的混乱能量。相对当前的混乱情势，罗伊德之兄盖伊的死亡疑团对世人而言，显得如此微不足道。但这起似乎要被淡忘的小小事件，其影响力才正要发酵。

在超越人智的因果律牵引下，新生的“克洛斯贝尔特殊任务支援科”，再次画出新的历史轨迹。