主人公在城都地区的若叶镇开始自己的旅行。首先要在空木博士处领取一只初学者神奇宝贝。此时主人公有三个选择:炎系的火球鼠,水系的小锯鳄,草系的菊草叶。之后,玩家就可以开始旅行了。在旅行的途中,需要从坐落于各地的道馆收集八个徽章来获得挑战神奇宝贝联盟的资格,还需要与路上各式各样的训练家和野生神奇宝贝对战,并且收服想要的野生神奇宝贝,组成自己的对战队伍。主人公也需要与邪恶组织火箭队对抗,阻止他们复活的妄想。主人公还可能在游戏中遇见传说中的神奇宝贝,如水君,炎帝与雷公。运气好的话还可以遇见凤王与洛奇亚,这些游戏要素都需要自己去发掘。